哥伦布是伟大的航海家，但他显然并不是一个好的殖民地总督，管理几百上千人建设殖民地，与管理一船几十人跨越大洋驶向未知的远方所需要的才能完全不一样，而在没有发现美洲之前，一直都是普通平民的哥伦布和他的家族，根本没有经营领地的经验，因为那是贵族们的特权，即使他摇身一变成总督和海洋统帅，获得了贵族身份之后也是如此，他着实欠缺做领地贵族的经验。

哥伦布的第二次远航探险活动就是最好的例子，作为殖民地总督，哥伦布虽然把殖民地建设放在了心上，但奈何他对航海探险更有兴趣，因此他一来到伊斯帕尼奥拉岛上，刚建立了一个殖民地雏形，就急匆匆地出海探险了，把殖民地的后续建设全都丢给了其他人，但问题在于，哥伦布还识人不明，所托非人。

哥伦布将岛上的政事托付给了软弱无能的哥哥，武装力量则托付给了西班牙贵族佩德罗·马格里特（下文简称佩德罗），交给了他大约250名贵族骑士与弓弩手、110名火绳枪手和16名骑兵，然后又交给了佩德罗一小箱铜铃以及其它小饰品，让他们用这些东西与印第安人打好关系，并与之交易，换取食物和黄金，以维持在岛上的巡逻和探测任务，另外还要镇压胆敢反抗的印第安人。
但哥伦布前脚刚走，佩德罗后脚就开始渎职，只知道敲诈勒索印第安人，并不知道维护西班牙人与印第安人之间关系，还纵容士兵抢掠印第安人的妻子和女儿满足淫欲，松散军纪，不时还纵兵抢掠。

搞得印第安人对西班牙殖民者很敌视，但是由于他掌握着强大的力量，印第安人很难大规模反抗。 而等到佩德罗把伊斯帕尼奥拉岛祸害一遍，抢在哥伦布返回找他算账之前带领自己的部下跑路以后，没有了军纪镇压的岛上剩下的西班牙殖民者们，彻底放飞自我，他们开始四处横行，不是抢夺印第安人的财物，就是随心所欲地霸占他们的妇女，给印第安人造成了极大伤害，而偏偏此时西班牙殖民地的武装力量又因为佩德罗的跑路而骤降，这使得许多印第安人开始起来反抗，对一切落单或是没有武装的西班牙人复仇。
在这些反抗的印第安人中，最有名的莫过于玛格达莱纳的酋长瓜迪加纳，为了报复西班牙人对自己亲人和妻子的残害，他杀死了10名西班牙人，之后还带人烧毁了一间躺着四十名病号（西班牙殖民者）的屋子，并不断反抗西班牙人的统治。

印第安人

等到哥伦布回到殖民地时，才发现殖民地因为佩德罗的渎职已经一团糟了，整个殖民地的形势非常严峻，殖民地非但没有把印第安人管理的井然有序，反而搞得许多印第安人都开始反抗西班牙人。
此时哥伦布还一直受关节炎的痛苦折磨，一连几个星期都只能卧床休息，但为了保证殖民地正常运转，他也只能咬牙消除混乱、恢复秩序，这并不是一件简单的事。
由于西班牙人犯下的无数恶行，印第安人无不对他们恨之入骨，拒绝服从管辖。 而靠近西班牙殖民地的几乎所有印第安人酋长都达成了共识，不愿继续听令于西班牙人，只有一位名叫瓜卡纳加利的酋长一直忠诚于哥伦布，虽然他的人民也受到了西班牙人的残害，但他还是一直努力维持自己与哥伦布的盟约，即使这使得他被其他酋长所敌视和攻击，导致他的一个小妾被抢，另一个则被其他印第安酋长杀死。

西班牙征服者与印第安人酋长

面对反抗的印第安人，哥伦布没有去惩处那些犯下各种无法无天残暴罪行的西班牙人，这些西班牙人中的一部分遭到了印第安人的伏击和报复，这是他们罪有应得，但哥伦布不这么认为，他认为西班牙人都是基督徒，他们对异教徒犯下的坏事不叫坏事，而印第安人杀害基督徒却是最恶劣的行为，因此这一系列行为和后果都要由印第安人负完全责任。
哥伦布决定“让印第安人熟悉卡斯蒂利亚人的武器”（《哥伦布传》中的原话），准备主动出击，虽然当时起来反抗西班牙人的印第安人超过十万，哥伦布手里只有几百名士兵，但他依然认为自己可以轻松打败印第安人，哥伦布一直都看不起还处于石器时代的印第安人战斗力，认为几十个全副武装的西班牙人就能轻松击败上千名没有铁器，连刀剑都不认识的土著人，而事实也是如此。

在一次出击中，不过百名的西班牙征服者就俘虏了一千五百多名印第安人，杀死的印第安人人数则更多，还抓到了杀害西班牙人的印第安人酋长瓜迪加纳。 为了赚钱，向西班牙双王证明殖民美洲有利可图，哥伦布从俘虏中挑选出了500名“最好的男人和女人”，然后“打包”运回西班牙贩卖。
至于剩下的印第安人俘虏，哥伦布则宣布每个西班牙人都可以从中随意挑选当奴隶，想要多少就给多少，最后在所有西班牙人都挑选完了之后，印第安俘虏还剩下四百名左右没人要，哥伦布就发了善心叫他们滚开，想去哪里就去哪里，西班牙殖民者们记下了当时印第安人的惨境：

“他们中间许多土著妇女怀里还带着孩子，她们害怕再被抓住，为了更好地逃离我们，就把婴儿随便丢在地上，开始像绝望的人那样拼命逃走，有些人翻山越岭、过河涉水逃得那样远，逃到离伊莎贝拉殖民地七八天路程的地方。 ”

西班牙征服者

那些被塞进贩奴船里的印第安人也不好过，他们乘坐的帆船在航行时遭遇了暴风雨、风暴等恶劣天气，海况非常恶劣，而印第安人就在这样的天气里被关押在底舱内，其痛苦是不可描述的，贩奴船上的负责人这样写道：

“这些印第安人中大约有两百人死亡，我认为这是由于他们不习惯这些气候比他们那里要冷的缘故。 我们把死了的丢到海里去。 我们最先看到的陆地是斯帕特尔角。 不久我们就到达加的斯，随后就让奴隶上岸，他们中间有一半人病了。 告诉你们：他们既不是工作着的人，而且非常害怕寒冷，也就都活不长久。 ”

到达西班牙后，哥伦布的支持者将一部分幸存的印第安人在奴隶市场上售卖，见证这一事迹的目击者后来这样描述这些可怜的印第安人：

“赤身裸体和出生时一样，凄惨得像些野兽……由于他们水土不服，差不多全都死了，因而这个买卖几乎无利可图。 ”

为了以儆效尤，瓜蒂瓜纳酋长和他的两名下级首领被哥伦布下令吊了起来，他们被认为应该对杀害抢东西的基督徒负责，但是他们三人互相用牙齿咬断绑绳逃走了，使西班牙人大为扫兴。

印第安人酋长

瓜蒂瓜纳酋长等人逃走之后，连忙收拢族人，然后向其他印第安人酋长求救，那些伊斯帕尼奥拉岛的印第安人在西班牙人的折磨下，表现出了西班牙人所没想到的勇敢。 如果伊斯帕尼奥拉岛上的印第安人全都联合起来，那么他们的力量足以将西班牙人赶下海（此时岛上的西班牙人不足一千，在六七百左右），但是正像印第安人与殖民者之间的大多数战争一样，他们不能团结一致。
哥伦布的印第安人盟友——瓜卡纳加利酋长的人民和其他印第安人一样，也深受西班牙掳掠者之害，但瓜卡纳加利酋长却坚决忠诚于与哥伦布商定的不成文盟约，不但不攻击西班牙人，反而还提供仆从军帮助西班牙人作战，攻击自己的同胞。

而在该岛其他末端的印第安人酋长们则自宽自解地认为只要不触犯西班牙侵略者，他们就可以单独保持安全，西班牙人不会对他们不利，因此也没有加入反抗者的队伍。
尽管如此，瓜蒂瓜纳酋长最终还是成功调集了一支规模可观的军队，人数达到了数万人之多。 当收到这一消息之后，哥伦布并没有惊慌，1495年3月的时候，反而主动派遣一位在后来征服美洲的过程中大放异彩的西班牙征服者——阿隆索·德·奥赫达（下文简称奥赫达）统兵，带领了200名步兵、20匹战马、20只猎狗及一支由瓜卡纳加利酋长统帅的印第安人仆从军，去主动寻找瓜蒂瓜纳酋长交战。

西班牙征服者与印第安人的战斗

双方的交战地点在一处山口和旁边的山谷里，这是奥赫达特意选的战场，因为印第安人军队数量庞大，在狭窄的山口和山谷里无法展开，也就不能发挥人数优势。 而为了能够一次性解决印第安人，奥赫达不但在正面布置了士兵，还将一部分军队埋伏在了印第安人军队的侧翼，认为战斗时四面八方传来的枪炮声将会最具有威慑力，从而把印第安人吓得落荒而逃。

西班牙军中有火绳枪手和弓弩手

这一安排后来被证明非常有效，等到印第安人踏入战场时，埋伏在他们侧翼的西班牙士兵就猛烈开火。 虽然西班牙军队中列装的火绳枪并不多，没有杀死多少印第安人，但是火枪巨大的声响和浓浓烟雾吓住了没见过这种武器的印第安人。

伏兵的枪响后，在正面列阵的奥赫达就带领全部的骑兵向惊恐、挤作一团的印第安人军队冲击，他的步兵也在不断地攻击，用刀、剑和长矛冲刺砍杀，西班牙人用火绳枪和弓弩成功将印第安人驱散，然后派出骑兵和猎犬群对他们一阵猛追。

西班牙骑兵

大多数印第安人根本没见马匹，更不用说骑兵了，他们非常畏惧，以至于只要哪间屋子里有马，印第安人就不敢进入，甚至曾出现过，一个西班牙骑兵就吓得五百多名印第安人四处乱窜的情况。

印第安人

印第安人将骑兵和骑兵胯下的战马一起看做成一种动物，以至于以为西班牙人的骑兵是长在马上的，将其视为半人马，所以惊恐不已。 并且印第安人还极度畏惧西班牙人带来的猎犬（多为西班牙獒犬），在西班牙殖民者的书信中，可以看到这样一条关于猎犬的记载：

“（狗）咬他们，给他们（印第安人）很大的伤害，因为在对抗印第安人时，一条狗抵得上10个人。 ”
据一些西班牙征服者记载，一条名为“贝塞里约”的西班牙獒犬在征服印第安人的过程中，曾发挥过巨大作用。 它以疯狂的愤怒攻击它主人的敌人，以巨大的勇气保护他主人的朋友。 贝塞里约非常善于追踪、杀害和恐吓印第安人，曾在30分钟内，杀死了33名印第安人，西班牙征服者们宣称：

“相比100名西班牙士兵，他们（印第安人战士）更害怕10条贝塞里约。 ”

西班牙征服者纵狗撕咬印第安人

在《历史的爪印：人类事件过程中的狗》一书中，该书作者斯坦利·科伦记述了这场哥伦布和奥赫达征服印第安人的战斗，着重描写了西班牙人使用猎犬作战的场景：

“（奥赫达）他把军犬聚集在最右边，等待战斗达到激烈程度，他放出了所有的20只獒犬，并大喊“托玛洛斯！”(意思是“带走它们”)。 愤怒的军犬成群结队地冲向土著战士，扑向他们裸露的身体，它们扑咬对手的腹部和喉咙，当震惊的土著战士倒在地上时，军犬将他们的内脏撕成碎片。 然后，再跳到另一个人身上，疯狂撕扯着土著人的队伍。 ”

西班牙征服者与他们全副武装的獒犬

因此西班牙征服者们很容易就将印第安人击溃了，使其丧失军心纷纷丢掉手中的武器向后方逃去，然后引起了军队的全体崩溃。

骑马的西班牙征服者和猎犬

印第安人惊恐万状，一个个抱头四处逃窜，而西班牙人则紧追不放，使其死伤不计其数，由于山谷出口太过于狭窄的原因，许多印第安人都没有跑掉，让西班牙人得以将他们围捕，成了西班牙人的俘虏，这些人当中的一部分被处死，剩下的人则被变为处境更悲惨的奴隶。