区别很大，完全不是一个概念。

设计制造的功能和目的完全不同超级计算机设计的目的是进行超高速计算，满足模拟核爆炸、天气预报、地震分析、油气勘探分析以及其它需要海量计算的需求，因此超级计算机的设计制造是以满足速度需求为主要目标，成本不是最重要因素。

普通计算机主要用于满足个人文档及业务处理等需求，是需要在性价比上做出折衷的，既要满足日常工作需求，又要控制成本，没有必要做到太高的速度和容量。

主要部件的容量和性能差别，处理器、内存及外部存储设备差别很大为了实现高性能，超级计算机通常采取大量使用并行设备的方式，比如处理器可能要使用几千个甚至于数万个，内存容量也可能达到普通计算机的上万倍，外部存储一般是使用专用的磁盘阵列、磁盘柜。 其主要设备一般都是专门设计的，可以不考虑通用性。

普通计算机一般仅配备1个处理器，最多也不超过2-4个，内存也一般仅在几个G到几十个G之内，外部存储一般是1-2块硬盘而已。 普通计算机一个最大的特点是部件的通用性、兼容性，各种处理器、存储芯片、外部设备几乎都是通用的，可以灵活搭配。

操作系统及运行方式差别超级计算机根据设计制造厂商的不同理念和模式，一般都是专门开发专有的操作系统，其驱动等开发仅需要支持本类型机器用到的设备即可；运行也是并行的，能同时处理很多大型计算任务。

普通计算机的操作系统通用型更好，全球目前流行的操作系统基本上也就微软的Windows、开源的Linux等，其需要支持大量的各类型外部设备，驱动程序非常繁杂。