日喀则市大体处于喜马拉雅山脉中段与冈底斯山－念青唐古拉山中段之间，境内定日县有世界第一高峰——珠穆朗玛峰，西藏三大圣湖之一的羊卓雍湖。 平均海拔在4000米以上。 日喀则大致有3种区域性气候。 喜马拉雅山以北和冈底斯－念青唐古拉山以南的地区，属高原温带半干旱季风气候；冈底斯－念青唐古拉山以北的少部分地区属高原亚寒带季风半干旱、干旱气候；喜玛拉雅山主脊线以南地区属高原温带季风半湿润气候。 日喀则总体的气候特征是：空气稀薄，气压低，氧气少；太阳辐射强，日照时间长，年平均达3300小时，高原紫外线强烈；气温偏低，年较差小，日较差大，年平均气温西部亚寒带地区为0℃，东部温带地区为6.5℃，年平均气温为6.3℃，可算是冬无严寒，夏无酷暑，最冷月份平均气温为2~12℃，最暖月份的平均气温为10~18℃，年平均日较差西北部为16℃，东部为14℃；干季和雨季分明。 每年10月至翌年4月，干旱多风，低温少雨雪，降水量不到全年降水的10%，为干（旱）季或风季。 5至9月，气候温和，空气湿润，降水量约占全年降水的90%以上，降水量集中在7-8月份，为雨季。