熙宁二年(1069年)二月，王安石为参知政事，开始进行变法。 九月，颁行“青苗法”。 次年(1070年)二月，韩琦上疏反对青苗法，认为青苗法不论贫富，一律按户等配借青苗钱，上三等户及坊郭大户本是兼并之家，也可贷给青苗钱，这种做法根本不能“抑兼并、济困乏”。 神宗看了韩琦的奏疏，一度动摇了变法决心。

宋朝王安石像

王安石将韩琦的奏疏拿到“制置三司条例司”，逐条批驳，公布于天下。 后来韩琦又上疏，申辨愈切。 此后，韩琦还对“免役法”“市易法”等提出了反对意见。 同年，韩琦解除了河北四路安抚使之官，仍判大名府。
在对外关系上，韩琦被认为“一改从前的强硬立场而日趋软弱妥协”。 当时宋和契丹在“划界”河东问题上争得不可开交，韩琦上疏神宗，认为宋在边防策略上主动进攻，积极防御，有七事致“契丹之疑”，吁请神宗去掉各项新法，并将契丹所疑之事，“如将官(法)之类，因而罢去”，以换取边境安宁。

影视剧中韩琦

那么韩琦为什么要反对王安石的变法呢?王安石变法的核心便是财政，他向神宗谏言设立了“三司条例司”，在这样的改变之下，原本的三司系统成为了虚设，其权力也被削弱，其导致的后果只会是“冗官冗费”。
宋朝为了限制武官的权利，大肆设置文官，这本来就已经让宋朝的财政出现了一定的空洞，朝政之上更是愈发腐败，在这样的情况之下，再设置一个单独的机构，只会将这潭浑水搅得更混。 尤其是这个机构的权利范围还极大，破坏了原有的政治体系，政治体系被重新打破重新洗牌，没有人知道结局是好是坏，韩琦也只能权衡利益，选择反对。
韩琦批判更加严重的还是王安石所说的青苗法，在王安石的原本意图之中，青苗法是“散惠兴利，以为耕敛补助，裒多补寡而抑民豪夺之意也”的，这是好事，但是真正执行下来，却并没有想象之中的那么好。
韩琦认为，青苗法规定了乡村五等户所借的青苗钱数，户等越高，借钱则越多，但是那些商户真的会借钱吗?他们本身是以放贷者的身份存在的，会成为借贷者吗?而且如果人户不愿意申请青苗钱时，要结罪申报，如果说提举司派人劝说，人户愿意申请之后，地方官员还会受到处分，这样算来，很容易出现强制发放青苗钱的行为。

韩琦画像

可是青苗钱本身是有利息在的，这损害的就是老百姓的权益。 而且让有一定资产的人为没有经济实力的人担保，贫民还不起钱的时候，这些有经济实力的人要代为偿还，这确实没有损害国家利益，但是，这些有资产的人难道就是活该为别人买单?
当然，除了这两点外，韩琦还反对了王安石变法的不少条例，但是仅仅从上文的两点就可以看出，韩琦并不是随意反对的，而是有凭据的反对，是真正的为国为民。 在很多改革派的眼中，韩琦是落后是保守的，但是对于当时的国家，韩琦保证了他们的利益，总的来说是有利于社稷的。