旗舰店、专卖店与专营店的区别如下：

一、在定义上的区别：

1、旗舰店：是商家以企业自有品牌入驻淘宝商城，所开设的店铺称为该品牌的“官方旗舰店”。

2、专卖店：企业持正规品牌授权书，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。

3、专营店：企业在淘宝商城同一级类目下经营多个(至少两个)品牌，此类店铺称为“专营店”。

二、在经营主体上的区别：

1、旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。

2、专卖店：取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。

3、专营店：在中国大陆注册的企业法人。

三、在经营范围上的区别：

1、旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。

2、专卖店：授权品牌下同一级类目内的所有产品。

3、专营店则没有明确规定。

四、在品牌资质上的区别：

1、旗舰店：国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说要注册商标。

2、专卖店：品牌所有者出具的国家商标总局颁发的商标注册证，申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书，授权书需无地域限制。 品牌所有者若为个人，则需同时提供身份证复印件并在授权书上签字。

3、专营店：多为自有品牌和他人品牌。

①、自有品牌，需提供国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书。

②、他人品牌，需提供具有完整的授权书(即商家提供的授权书要可以逐级逆推回品牌商那里)。 品牌持有人的商标注册证，若商家不能提供逐级授权到自己的品牌授权书，也可提供由供货商出具的正规渠道证明以及品牌持有人的商标注册证等。