PubMed（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）为美国国立医学图书馆的附属单位美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI）及其协作单位共同开发研制的生物医学文献检索系统，是NCBI研发的大型检索系统Entrez的一部分。

PubMed数据库最早可回溯到17世纪60年代创刊的印刷本检索刊物 Index Medicus（美国《医学索引》，简称IM）。

《IM》由美国内战期间的一位军中外科医生（后负责军中图书馆工作，该图书馆为美国国立医学图书馆前身）Dr.JohnShawBillings在私人财团的资助下创建，于1879年开始刊行，月刊，定期报道医学信息。 1960年，美国国立医学图书馆接任了IM的编辑工作。 1964年，美国国立医学图书馆在全面接任IM的编辑与出版工作后，在印刷版《IM》的基础之上，对数据进行了计算机处理，并补入更多内容，建成医学文献分析与检索系统（Medical Literature Analysis and Retrieval System,MEDLARS）。 1966年，开发了联机版Medline（MEDLINE），即MEDLARS Online，并于1971年开始公开对外发布，提供联机服务。

1982年，光盘版Medline问世。 20世纪90年代以后，美国国立医学图书馆下属的生物信息技术中心（NCBI）及其协办单位在Medline的基础之上，开发了网上免费生物医学数据库PubMed。 于1997年开始在网上免费供用户使用。