为纪念这位伟大的数学家，人们修建了秦九韶纪念馆，中科院院长路甬祥亲自题词，四川师范大学确定秦九韶纪念馆为“秦九韶数学史教育研究基地”。

秦九韶纪念馆座落在安岳县城南郊一公里的云居山腰，紧邻旅游景点圆觉洞。 占地面积六千五百多平方米，建筑面积一千五百多平方米，为仿宋古建筑，整个建筑典雅别致。 秦九韶纪念馆的正殿，正中的汉白玉雕像就是秦九韶。 左右分别立有一匾，右匾记载了秦九韶的生平，左匾是秦九韶籍贯考证者邵其昌同志撰写的题记。

该馆于1998年9月9日修建，2000年12月1日正式开馆。 2000年12月4日，在秦九韶纪念馆举行了落成典礼暨秦九韶《数书九章》学术研讨会。 中科院院士、北京天文台名誉台长、原北京天文台台长王绶琯、中科院院士、四川大学校长刘应明、内蒙古大学教授李迪、中国数学学术研究会副理事长郭书春、中国科技馆馆长王渝生、美国博士Johnson、中国科学史学会副理事长陈久金、陕西天文台研究员刘次沅、四川师大原副校长杜心华、四川省社会科学院研究员查有梁等专家、教授、学者和资阳市、内江市、安岳县领导出席了会议。 中国科学技术馆、中国数学史学会、中国科学技术史学会、中国科学院数学研究所、中国科学院自然科学史研究所赠送了匾牌。

2002年省委宣传部、省科技厅和省科协发文公布秦九韶纪念馆为“四川省科普教育基地”。 2002年6月28日，四川师范大学决定把秦九韶纪念馆作为四川师范大学秦九韶数学史教育研究基地。 2007年1月，市委、市政府命名秦九韶纪念馆为市级爱国主义教育基地。

纪念馆自开馆以来，本着弘扬爱国主义精神、继承民族传统美德的目的，对青少年参观实行免票政策，每年前来参观的青少年学生和外地游客络绎不绝。