这无非又是在说，唯物主义和唯心主义的问题。 如果把思想这个词，改成意识，应该更为准确。 比如婴儿和还不会讲话的幼童，他(她)哪来的思想？但是他们是有意识的。 有本质和现象两个答案。 从本质上来说，是身体在操纵着意识，有其必然性。 。 从现象来说，是意识操纵着身体，有其偶然性。

从本质上来说，从微观的角度看， 人就是一团自然界中的元素。 因为偶然的因素，按照自然规律聚合在一起。 最早只是一些有机物的碎片。 经过长期的偶然性的筛选， 一些偶然具备了能进化和发展为生物的规则和本能的有机物，进化成了生物。 并且形成了现在的生物界。 人不过是生物中的一种，本质上和其他的生物完全一样，拥有共同的主要的本性。 在还是有机物碎片的时候，应该是不会有意识的。 意识，是随着生物体的形成才具有的。 不是主观具有的，应该是偶然产生的。 原始的生物，是没有视觉和听觉的，也没有大脑，连神经节都没有。 通过对外界环境的感知，然后能做出一些相应的反应，比如碰到酸碱、碰到高温，知道拉开距离，这就是最初的意识。 意识的最初的作用，应该就是用来保护身体。 意识强的生物因此而能存在和发展起来。 意识弱的生物，有很多肯定是灭绝了。 有些随着进化过程中拥有了很强的保护自己的能力，虽然低等，但是很顽强。 比如病毒和细菌。 意识强的生物，一路发展进化，越来越复杂。 意识最复杂的，也就是人了。 意识，应该是生物偶然获得的，用来保护自己，对环境和自身的信息，以及自身的需要，进行采样、分析、作出相应反应指令的能力。 意识既然是为身体服务的，那么从本质上来说，它当然是受身体的各种需求操纵。 身体得到了某些方面的满足，比如刚吃过美食。 意识也会同时产生愉悦感。 只要获得了有用的物质和能量(也包括精神享受，比如音乐能让人身体放松，产生愉悦感。 思想的交流，能让大脑的工作更顺畅，减轻大脑的工作量，同时产生愉悦感。 )，人就会不由自主的感觉到高兴。 又比如，如果有很长一段时间的阴天，人就会感觉压抑。 某一天天晴了，晒一下太阳就会感觉很高兴，因为那是能量。 当然过量了，暴晒，也还是受不了。

至于说思想，那是人类意识中比较高级的部分，是为了适应环境逐渐进化出来的。 比较原始的部分，也就是层次较低的意识，可以称之为情感。 情感能让人做出本能的反应，根本不需要思考。 思想，能够让人超越身体原始的控制。 做一些看似对身体没有直接好处的事情。 比如说不是为了进食和寻找食物、能量， 做一些看似无用的事情。 对周围环境的其他物体，以及对人类自身进行研究和探索。 从根本上来说，是为了满足人类在更大的环境和更复杂的层次生存的需要。 人类与周围一切物体之联系，也可以说产生因果，都首先是为了满足自身的需求而展开的。 所以从本质上说，还是身体在控制着思想以及意识，并且始终遵循自然规律和生物的本性。 人当然也有利他的行为，比如帮助别人，爱护其他生物等等。 其实也还是为了拥有一个良性的外部环境，利于自己长期的生存。 涉及到生物的一个本性。 此处就不做讨论了。

从现象上来说，意识(包括思想)操纵着身体，与周围的环境中的人或物产生联系，产生因果。 这个过程，有些是必然的，也有一些是随机的。 随着时间、地点、联系的人或物的不同，有很大的偶然性。 意识决定着这种偶然性。 比如大多数人，都必然结婚。 但是结婚的对象，却会有很大的偶然性。 但是这个这个偶然性中，又包括着必然性。 比如，你必然是跟一个人结婚，不可能是跟一只猴子。 比如一个原始人，早上起来决定出去打猎。 他肯定也是去打自己能够猎获的猎物。 而不可能说他今天要到天上去摘传说中王母娘娘的蟠桃。 也就是说你的选择本身就已经事先限定了范围，你身体的需求还是在起作用。

所以说，身体始终操纵着意识，也包括思想。 思想只是在一些必然条件下，偶然性的选择上起作用。