首先是整个剧情：整个故事是围绕人类补完计划进行，TV版结局是从意识上进行的（因为制作组没经费了 ）而剧场版是从故事上直接进行的，很显然人类补完计划就是让所有人的灵魂合而为一，本来这个认为应该是由主角爸爸完成的，但是零最后选择了主角，自然主角就成为了人类补完计划的关键。

在计划刚进行时主角是同意的所以计划开始运行，所有人类都被迫变成 了LCL液体，不管自己愿意不愿意，因为是灵魂合一所以都看到了自己最想看到的人或事，而那些EVA系列 的9台机被破环都是计划进行的仪式道具。

但在不知过了多久，主角觉醒了，知道了真实的意义，承认了 AT立场（也就是人与人之间的心里隔膜）的必要性，所以仪式开始崩溃，EVA系列的9台机被破环，计划崩溃。

而此时计划的强制性被取消，所有有心想活在现实里的人都可以复活从LCL之海里，所以主角是从LCL 之海里出来的而不是初号机上，而明日香因为在之前对战的EVA系列9台机时已经明白了，所以她在强制力消失后也马上复原，而其他人还沉浸在虚幻中还没能复原。