五千多年前，中国就开始利用发酵法制作饮料。 夏禹时期，酿酒已经出现。 人们常喝的酸奶也是靠天然发酵酿制而成的。 在保加利亚生活的色雷人过着放牧的生活，他们身上常背着皮囊，里面装着羊奶。 由于外界的气温和身体的温度，皮囊内的羊奶常常变酸。 他们要喝时，就可以把它倒出来喝。 这就是最早的酸奶。 这就用到了发酵的原理。

虽然人们对发酵的本质并不了解，但是利用自然发酵现象制成了各种发酵产品，例如酱油、醋、面包等。 菌种是天然的，制作技术也是靠经验传授的，产品很容易受到杂菌的污染，人们对此感到很困惑。 1680年，荷兰布商列文虎克在放大了270倍的显微镜中首先发现了微生物。 这些微生物来自何处，成为人们最关心的问题。

1752年，法国物理学家列奥米尔用鹰做实验对象，让鹰吞下几个装有肉的小金属管，管壁上的小孔能使胃内的化学物质作用到肉上。 当鹰吐出这些管子的时候，管内的肉已有部分被分解了，而管中却增加了一种淡黄色的液体。

1777年，苏格兰医生史蒂文斯从胃里分离出一种液体（胃液），并证明了食物的分解过程可以在体外进行。

1836年，德国博物学家施旺把氯化汞加到胃液里，生成一种白色粉末。 除去粉末中的汞化合物，把剩下的粉末溶解，得到了一种浓度非常高的消化液，他把这种粉末叫作胃蛋白酶。 从此，解开了胃的消化之谜。

法国微生物学家路易·巴斯德自幼勤奋好学，生活中聪明伶俐，颇具艺术天分，人们期待他成为一名画家。 然而，19岁时他却放弃了绘画，把全部的心思投入到科学研究的事业中。 他以著名的酒曲瓶实验证明了发酵原理，彻底推翻了自然发生说。 巴斯德还提出防止酒变质的加热灭菌法，被后人称为“巴斯德灭菌法”，他也被称为“发酵之父”。 德国化学家李比希却坚持认为引起发酵的是酵母细胞的某些物质，但这些物质只有在酵母细胞死亡并裂解死亡后才发挥作用。

1897年，德国化学家毕希纳用实验结束了“发酵之争”：他用石英砂研磨酵母细胞，加水搅拌、过滤，得到不含酵母细胞的提取液。 在这些液体中加入葡萄糖，一段时间后，冒出气泡，葡萄糖液居然变成了酒。 他发现，这种液体依然能够像酵母细胞一样完成发酵任务。 因此，“酶”这个词现在适用于所有的酵素，而且是使生化反应的催化剂。 毕希纳虽然从细胞中获得了含有酶的提取液，但是提取液中还有其他物质，他无法直接对酶做出鉴定。 酶究竟是一种什么物质呢？这深深吸引着科学家，因而，他们就开始设法将酶分离出来。 可是，在细胞和其他天然物质内，酶的含量非常小，而且所得到的含酶的提取液都是混合物，分离提纯相当困难。 尽管如此，科学家对酶的研究兴趣丝毫也没有减退。

1917年，美国科学家萨姆纳试图从豆种子中提取酶。 他经过不断的尝试，经历了很多失败之后，终于在一个清晨，在丙酮做溶剂的提取液中出现了结晶。 他用多种方法证明了这种物质是蛋白质，并因此获得了诺贝尔化学奖。 现今分离出来的酶已经有100多种，它们都属于蛋白质。

20世纪80年代，美国科学家切赫和奥特曼发现少数RNA也具有生物催化功能。

由于酶的运用很广泛，优点非常多，科学家就想能不能把酶从生物体中分离出来，催化一些重要的化学反应。 于是，酶工程应运而生。